せどりの確定申告で「仕入れた金額をそのまま経費に入れた」という個人事業主は非常に多いです。しかしこの処理は正確ではなく、期末在庫の棚卸を怠ると売上原価が水増しされ、税務調査で修正申告を求められるリスクがあります。AFP資格を持つ私・Christopherが、せどり確定申告における仕入れ・在庫・売上原価の正しい計上方法を実務視点で解説します。
せどり確定申告の落とし穴｜仕入れ＝経費ではない理由
「仕入れた瞬間に経費」は税務上の誤りです
せどりを始めたばかりの個人事業主が最初にはまる落とし穴が、「仕入れた金額＝その年の経費」という誤解です。これは感覚的には理解しやすいのですが、所得税法・法人税法ともに認めていない処理です。
正確には、仕入れた商品のうち「年内に売れたもの」だけが売上原価として経費になります。年末時点でまだ手元に残っている商品（期末在庫）は資産として計上し直さなければなりません。この区別を怠ると、利益が実態より少なく申告されることになり、過少申告加算税や延滞税の対象となる可能性があります。
少し堅い話に聞こえるかもしれませんが、仕組みさえ理解すれば対処は難しくありません。むしろ正確に棚卸をすることで、翌年の節税プランも立てやすくなります。
棚卸を怠ると翌年に「二重課税」される構造になる
期末在庫を計上しないまま確定申告をすると、翌年に同じ商品が売れた時に奇妙なことが起きます。翌年の売上に対してすでに前年に経費処理した仕入れが控除されないため、実態としてその商品の仕入れ分が課税対象から外れたまま売上だけが計上されます。年をまたいで見ると、利益の計算が大きくずれていきます。
私がAFP試験の勉強をしていた頃、この「棚卸の必要性」は教科書の中の話だと思っていました。しかし総合保険代理店時代に担当したせどりをしている個人事業主の方が、3年間一度も棚卸をせず申告していたケースを目の当たりにして、初めてこの問題の深刻さを実感しました。その方は税務署から指摘を受けた後、修正申告と追徴課税を経験しています（個人を特定できない形で抽象化しています）。
仕入れ経験で気づいた実務の現実｜保険代理店時代と自社経営での教訓
相談者の失敗から学んだ「期末在庫の恐ろしさ」
総合保険代理店で勤務していた3年間、私は個人事業主やフリーランスの資金相談を多数担当しました。その中でせどりや転売を副業・本業にしている方からの相談は珍しくなく、確定申告の時期になると「税理士に怒られた」「修正申告することになった」という話を複数聞きました。
共通していたのは「12月31日時点の在庫を数えていなかった」という点です。Amazon倉庫（FBA）に預けた商品は目に見えないため、棚卸の意識が薄れやすいのです。ある方は年末に約80万円分の在庫がFBAに残っていたにもかかわらず、それをゼロとして申告していました。結果的に80万円分の仕入れが全額その年の売上原価に含まれ、所得が実態より少なくなっていました。
この経験は私が現在、自社の経理処理において「12月31日の棚卸確認リスト」を必ず作るようになった直接のきっかけです。
東京での法人経営で痛感した「在庫管理と資金繰りの連動」
現在私は東京都内で法人を経営し、インバウンド向け民泊事業を運営しています。民泊はアメニティや備品の在庫管理が伴うビジネスで、決算期に在庫計上を誤ると法人税の計算にも影響が出ます。2023年の決算時に、消耗品と棚卸資産の境界線を曖昧にしていた備品約15万円分を正しく棚卸資産として計上し直した結果、その期の利益が想定より増え、法人税の納付額が変わりました。
「経費にできると思っていたものが実は在庫だった」という感覚は、せどりの個人事業主にも全く同じ形で起きます。経費処理と在庫計上の違いを体で覚えることが、長期的に正確な申告を続けるための最短ルートだと私は考えています。
売上原価の計算式と棚卸実務｜個人事業主がやるべき3ステップ
売上原価＝期首在庫＋当期仕入れ－期末在庫の意味を理解する
売上原価の計算式は次のとおりです。
売上原価 ＝ 期首在庫（前年末の在庫） ＋ 当期仕入れ額 － 期末在庫（今年末の在庫）
たとえば、1月1日時点の在庫が30万円、年間の仕入れ合計が200万円、12月31日時点の在庫が50万円だったとします。この場合の売上原価は「30万＋200万－50万＝180万円」です。200万円を丸ごと経費にするのではなく、180万円が売上原価として所得控除の対象になります。残り50万円は次の年に繰り越す在庫（資産）として貸借対照表に載ります。
この計算式は青色申告・白色申告どちらにも共通する基本中の基本です。個人事業主として正確な所得計算をするために、毎年12月31日に在庫の実数を把握する習慣をつけてください。
棚卸の実務手順｜Amazon FBA在庫の確認方法も含む
実店舗で仕入れて自宅保管しているせどりの場合、12月31日時点で手元にある商品を一点ずつリストアップし、仕入れ単価を掛けて棚卸金額を算出します。仕入れ単価が分からなくなった場合は、領収書やクレジットカードの明細を遡って確認します。
FBA（Amazonフルフィルメント）在庫の確認は、Amazonセラーセントラルの「在庫管理」または「在庫レポート」からCSVをダウンロードする方法が一般的です。12月31日時点のスナップショットを保存しておくと、翌年の税務調査や税理士への資料提出がスムーズになります。なお、在庫評価方法には「個別法」「先入先出法」「移動平均法」などがありますが、せどりの個人事業主には管理のしやすい「移動平均法」または「個別法」が向いているケースが多いです。評価方法は税務署に届け出た方法を継続適用する必要があるため、最初の年に税理士または税務署に確認することを推奨します。
在庫計上の仕訳3パターン｜青色申告に対応した実例
仕入れ時・期末棚卸時・翌期首の3段階で仕訳を理解する
せどりの在庫に関する仕訳は、大きく3つのタイミングに分けて考えます。
まず仕入れ時です。商品を5万円で仕入れた場合、「仕入高 50,000円 ／ 現金（または未払金・クレジットカード） 50,000円」と記録します。この時点では経費として処理しますが、後の棚卸で調整が入ります。
次に期末（12月31日）の棚卸です。手元に残った在庫が3万円分あった場合、「繰越商品 30,000円 ／ 仕入高 30,000円」と仕訳します。これにより仕入高が3万円分打ち消され、売上原価から除外されます。
最後に翌期首（1月1日）の振替仕訳です。「仕入高 30,000円 ／ 繰越商品 30,000円」と記録し、前期末の在庫を今期の仕入れに組み込みます。この3段階をワンセットで行うことで、売上原価の計算式が自動的に成立します。
白色申告のせどりでも棚卸は省略できない
「白色申告だから棚卸はしなくていい」という誤解が根強くあります。しかし所得税法第47条では、事業所得を計算する際に棚卸資産の評価を行うことが義務付けられており、白色申告でも例外ではありません。
白色申告の場合、青色申告のような複式簿記は必須ではありませんが、売上・仕入れ・在庫の記録は保管義務（一般的に5年〜7年）があります。税務調査が入った場合に在庫の裏付けが取れないと、経費として認めてもらえないリスクがあります。私は保険代理店時代から一貫して「記録を残すことが最大の節税」と相談者にお伝えしてきました。これは今も変わらない考えです。
マネーフォワードでの記帳手順｜自動化で棚卸ミスを防ぐ
マネーフォワード クラウド確定申告で仕入れ・在庫仕訳を入力する方法
マネーフォワード クラウド確定申告は、銀行口座やクレジットカードと連携することで仕入れの仕訳を自動取得できるソフトです。せどりの個人事業主にとって特に便利なのは、Amazonの売上データや仕入れに使ったクレジットカードの明細を自動で取り込み、科目の候補を提示してくれる機能です。
棚卸の仕訳入力は「手動仕訳」から行います。期末に「繰越商品」勘定を使って在庫金額を入力するだけで、損益計算書の売上原価欄に自動反映されます。私が法人の経理で実際に使っていて感じるのは、仕訳の候補学習機能が優秀で、同じ取引先からの仕入れは2回目以降ほぼ自動で科目が割り当てられる点です。月次の記帳工数が体感で3〜4割程度削減できると感じています。
年間スケジュールに棚卸日を組み込む運用ルールを作る
ソフトをどれだけ便利にしても、12月31日に在庫を数えるというアクションは人間が行わなければなりません。私がおすすめするのは、12月25日頃に「年末棚卸実施日」をカレンダーに入れておくことです。クリスマス前後はせどりの繁忙期でもありますが、だからこそ棚卸を年末ギリギリに回すと精度が落ちます。
マネーフォワードの「レポート」機能を使えば、月次の仕入れ推移や粗利率をグラフで確認できます。これを習慣的に見ておくと、期末の在庫金額の大まかな見当がつき、棚卸の作業量を事前に予測できるようになります。なお、具体的な税額計算や仕訳の最終確認は、必ず税理士など有資格者に相談することを推奨します。個人の状況によって最適な処理方法は異なるためです。
まとめ｜せどり確定申告は「棚卸の習慣化」が全ての土台
この記事で押さえておきたいポイント
- 仕入れた金額をそのまま経費にするのは誤り。期末在庫を差し引いた「売上原価」が正しい経費計上額です。
- 売上原価の計算式は「期首在庫＋当期仕入れ－期末在庫」。青色・白色を問わず適用されます。
- Amazon FBA在庫は12月31日時点のレポートをダウンロードして保存しておくことが棚卸の基本です。
- 仕訳は「仕入れ時」「期末棚卸時」「翌期首振替」の3段階をワンセットで行います。
- 白色申告でも棚卸義務は免除されません。記録の保存を徹底してください。
- マネーフォワード クラウド確定申告を使うと、仕入れ仕訳の自動取得と手動棚卸入力の組み合わせで記帳工数を大幅に削減できます。
今すぐ記帳環境を整えてミスのない申告を
私がAFPとして、また保険代理店で個人事業主の資金相談を担当してきた経験から言えることは、「確定申告の正確さは日々の記帳習慣で決まる」ということです。年に一度まとめて処理しようとするから、在庫の計上漏れや仕訳ミスが起きます。
せどりの確定申告で在庫・仕入れ・売上原価を正しく処理するためには、まず記帳ツールを整備することが第一歩です。手書きや表計算ソフトで管理している方は、早めにクラウド会計ソフトへの移行を検討する価値があります。無料プランから使い始めて、機能を確認しながら自分の事業規模に合ったプランを選ぶのが合理的です。
なお、本記事の内容はあくまで一般的な情報提供を目的としており、個別の税務判断については税理士などの専門家への相談を推奨します。
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本記事は一般的な情報提供を目的としており、特定の投資・税務・法務行為を推奨するものではありません。記載内容は執筆時点の情報に基づきますが、最新情報や個別具体的な判断については、各分野の専門家(税理士・弁護士・宅建士・FP等)または公的機関にご相談ください。
【執筆・監修】
Christopher(AFP / 宅建士 / TLC)- 金融・不動産・法人実務の実体験ベースで執筆
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